没想到，就在决议要发出之前，大臣中出现了一位叛徒：吏部尚书焦芳，焦芳将皇帝准备遣送刘瑾等人的消息告诉了这八人，八人听后立马进宫求见明武宗，在明武宗面前哭得死去活来，追忆当年的美好时光，把矛头指向了司礼监太监王岳，说“如果司礼监的人能够尽忠职守，文臣又如何敢逼迫皇上呢？”明武宗听后立马就怒了，又改变了主意，决定不再遣返刘瑾等人，反而让刘瑾掌管司礼监，张永掌管东厂，谷大用掌管西厂，将司礼监太监王岳送去南京！看到事情发生了如此变化，刘健、李东阳、谢迁知道大势已去，纷纷上书请求辞职，但皇帝唯独留下了李东阳，批准了刘健、谢迁辞职，其余所有参与的文臣不是被杖责就是被降级，焦芳进入内阁，刘瑾凭借三寸不烂之舌扭转乾坤，八虎不降反升，控制了要害部门，八虎大获全胜。
铲除异己心狠手辣掌管了实权之后的刘瑾继续打击异己，他采取了几种惩罚手段：一是罚米戍边。户部尚书韩文是弹劾奏章的发起人之一，事发后韩文被革职返乡，回乡后没过多久，刘瑾又派人将他从家乡逮捕回来，投入到锦衣卫的监狱，严刑拷打关了几个月，之后又罚米2000石，这差不多是韩文十年工作的俸禄，此外，还令韩文自己去大同交纳，刘瑾看准了官员没钱这个软肋，没事就进行罚米，大臣们被罚得窘困潦倒。
二是去衣梃杖。梃杖是侮辱大臣的一种手段，最初允许受杖之人重毡叠裹，垫以棉衣，这样不会留下伤残，但刘瑾却并不满足这种方式，下令不得垫东西，受到梃杖的人非死即伤。兵部主事王守仁曾经上书皇帝“遭到刘瑾陷害”，刘瑾知道后，假传圣旨“梃仗50大板”王守仁被打得皮开肉绽，晕死过去好几次，之后，王守仁又被贬为贵州龙场驿丞，就这样刘瑾也没有解气，派人在他回家的路上对他进行追杀，王守仁以为自己在劫难逃，写下一首诗“百年臣子悲何极，夜夜江涛泣子胥”。
他将自己比作含冤而死的伍子胥，但是命不该绝的王守仁运气比较好，趁着杭州深夜假装跳入钱塘江中，最终躲过了刘瑾的迫害。三是带枷发配，为了折磨反抗他的人，刘瑾铸造了150斤的大枷，训练了一支神奇的杖刑部队，可以将板子打得出神入化，据说可以隔纸打青石，青石碎了纸不会破，刘瑾还规定罪无轻重，一律决杖戍边，并且带枷发配。
经过几年的整治，朝廷上下的异己势力完全被刘瑾打铲除，没有人再敢对他说三道四。刘瑾十分贪婪。每年明朝官员进京述职时，他都借机向三司官员（都指挥使司、布政使司和按察使司）索贿，一人少的1000银子，多的5000两银子，不给就贬斥，多给的就升职，有一个叫安国的人接了父亲的班儿当了军官，1508年，安国考中武状元，分配到陕西三边当代理指挥使，这时刘瑾问他要钱，安国和同时中武举的60人都拿不出钱，刘瑾便发配他们下基层去当兵，随时听候调遣，禁止擅自回家。
