清朝结束后，南京之名重新恢复，并且做了很长时间的中国都城，而南京这个名字也叫习惯了便不再改动，相较于江宁等区域性的名称，南京这个名字更加符合作为整个城市的名字。南京以前的确曾叫过“江宁”，但南京曾经用过的名字一大堆，除了江宁之外还有一大堆，有超过五十个，仅仅常用的就有三十多个。
1、南京为什么还叫南京？
南京的名称来源于明朝，民国时期重新启用并延续至今南京是中国现在仅有带“京”字的两个城市之一。其在历史上有过许多名字，如：健康、建业、集庆、金陵、江宁，其中南京这个称呼是起源于明代。（今天的南京城墙就是在明代修建的）1356年朱元璋攻克了元朝在江南的重镇集庆，随后在这里建立了自己的根据地，12年之后的1368年朱元璋改集庆路为应天府，正式称帝建立大明并定都于此。
这个应天府就是今天的南京，明初称为“京师”，称帝之后朱元璋见时机成熟迅速组织北伐，1369年征虏大将军徐达攻克元大都，元顺帝北逃，蒙古人在中原的统治宣告结束。在克服中原后朱元璋曾想将都城迁回洛阳或者长安，于是派遣太子朱标前去考察，但是朱标在考察回来后不久就病死了，这给了朱元璋极大的打击，迁都一事也就搁置了下来。
朱元璋驾崩后皇太孙朱允炆继位，而此时在北方镇守边境的燕王朱棣渐渐有了篡位之心，于1399年发动靖难之役，靖难之役打了三年，最后以朱棣攻克南京取得胜利而告终，朱允炆下落不明。篡位之后的朱棣待在京师整日惶恐不安，毕竟他爹的坟就在城外的明孝陵，这叫他死后咋去见朱元璋？而且他常年生活在北方，实在不适应南方的环境，
于是他开始着手建设他曾经的藩地北平，也就是今天的北京。经过了近20年的建设，在1421年朱棣正式迁都北平，改北平为京师顺天府，而应天府则称之为南京，南京一名由此而来，注意，有明一代南京始终都是都城之一，京师所有的政府班子南京都有，相当于陪都。1645年清军攻克南京，满人的陪都是盛京，也就是今天的沈阳，
所以将此地改称江宁，这个称呼一直持续到清末。1911年辛亥革命爆发，1912年1月1日孙中山先生重新将江宁改回为南京，定都于此，并宣誓就职中华民国临时大总统，中华民国成立，此后南京这一称呼被固定了下来，即便今天的南京已不是首都，但它仍旧与北京遥相呼应。（孙中山在到达南京后立即前往明孝陵谒陵，向明太祖朱元璋宣告中国光复了），
2、南京为什么不叫江宁？
笑死，为什么要叫江宁？南京以前的确曾叫过“江宁”，但南京曾经用过的名字一大堆，除了江宁之外还有一大堆，有超过五十个，仅仅常用的就有三十多个。其实在古代的时候，“江宁”这个名字诞生的原因就并不好，或而是因为委曲求全，或而是因为被迫无奈，比来比去，还是“南京”这个名字更加合适，南京最初建城立县的地方，其实是在如今并不算发达的江北地区，即六合，先秦时代楚国攻伐吴国之后，在江北建立了棠邑，可并没有维持太久，这里就被吴国给夺了回去。
公元前495年，吴王夫差在如今南京的朝天宫后山发现了大量的铜矿，在此冶炼铜石铸造兵刃之类，因此城池改名“冶城”，这也被视作是南京的“母城”，吴越争霸时期，越王勾践灭了吴国后，丞相范蠡在如今南京的中华门外建设了“越城”，因为是范蠡主持修建，所以也称作范蠡城，这是南京最早有年代可靠的真实古城所在。楚威王时代，楚国最后一次强悍时期攻伐越国，在如今南京的清凉山建造了城池，因为这里的山上泛着金紫色，所以称作金陵山，而这座新城，也被称作是金陵城，
时间再到秦朝时期，秦始皇南巡时，方士称金陵有王气，恐怕危及大秦天下，秦始皇因此命人截断秦淮河水，将金陵改成“秣陵”以表示压制。但后来也有人觉得这并非秦始皇的本意，因为秦人的先祖就是给周天子养马的，在秦人看来养马根本不是什么下等的工作，甚至于秣陵这个名字，反而还是秦始皇对当地的称赞，之后，秣陵的名字叫了很久，直到公元211年，东吴大帝孙权迁都秣陵，在原来楚国金陵城基础上建设石头城，定名建业，意为“建功立业”，南京第一次成为都城。
